Fast fünf Jahre verbringen die Larven (Querder) der Bachneunaugen unsichtbar im Feinsediment der Bäche. Sie ernähren sich von Schwebteilchen, die sie aus dem Wasser filtrieren. Dann erfolgt die Umwandlung zum erwachsenen Bachneunauge. Die Umwandlungsphase kann bis zu einem Jahr dauern, Geschlechtsorgane, Hornzähne und Augen werden gebildet und der Darm degeneriert. Die erwachsenen Tiere nehmen keine Nahrung mehr auf und haben nur ein Ziel, die Fortpflanzung. Die Eiablage findet von März bis Juni statt.
Dabei legen die Weibchen ca. 1.500 Eier an sandig-kiesigen Stellen ab. Wie alle Vertreter der Neunaugen sterben die Tiere kurze Zeit nach der Eiablage.