Der Älplisee ist ein vegetationsloser Muldensee, gebildet durch die Ablagerungen eines lokalen Gletschers. Er liegt an der Grenze zwischen der kristallinen Silvretta-Decke, der Tschirpen-Decke und den Aroser Dolomiten. Das linke Ufer ist von Weideland umgeben, und das rechte Ufer besteht aus einer Dolomit- und Kalkschutthalde des Älpliseehorns, die bis ans Wasser reicht. Zu- und Abfluss erfolgen teilweise unterirdisch, oberirdisch durch die Chlus, welche den Durchbruch durch die Endmoräne des Gletschers darstellt. Der Älplisee hat glasklares und sehr kaltes Wasser, welches ein Baden normalerweise nicht erlaubt. Die Eisbedeckung beträgt rund acht Monate im Jahr.