Die Berg-Nelkenwurz wächst als ausdauernde krautige Pflanze, die zur Blütezeit eine Wuchshöhe von 5 bis 10 cm und zur Fruchtzeit eine Wuchshöhe von bis etwa 30 cm erreicht. Im Gegensatz zur Kriechenden Nelkenwurz (Geum reptans) besitzt sie keine Ausläufer. Die Berg-Nelkenwurz bildet eine kräftige Pfahlwurzel. Die gestielten Grundblätter sind leierförmig gefiedert mit einem großen, kerbig gezähnten Endblättchen Die Blütezeit reicht von Mai bis Juli, vereinzelt noch einmal im Herbst. Der blühende Stängel entspringt den Achseln der Grundblätter und ist dicht behaart. Die Stängelblätter sind klein, ungeteilt oder dreispaltig. Ein Stängel trägt meist eine (selten zwei) gelbe Blüten, die einen Durchmesser von 2 bis 3 cm besitzen. Der Griffel ist nicht gegliedert und verbleibt bis zur Reife an der Frucht.