Der Älplisee ist ein vegetationsloser Muldensee, gebildet durch die Ablagerungen eines lokalen Gletschers. Er liegt an der Grenze zwischen der kristallinen Silvretta-Decke, der Tschirpen-Decke und den Aroser Dolomiten. Das linke Ufer ist von Weideland umgeben, und das rechte Ufer besteht aus einer Dolomit- und Kalkschutthalde des Älpliseehorns, die bis ans Wasser reicht. Zu- und Abfluss erfolgen teilweise unterirdisch, oberirdisch durch die Chlus, welche den Durchbruch durch die Endmoräne des Gl