Der Gartenbaumläufer bevorzugt, anders als der Waldbaumläufer, Laubwälder, Parks und Gärten mit vielen Obstbäumen. Er ist auch in Alleen, Feldgehölzen und Streuobstwiesen anzutreffen.
Der Gartenbaumläufer hüpft ruckartig und spiralförmig den Baumstamm hoch und sucht mit seinem angepassten Schnabel in der Rinde nach Insekten und Spinnen. Er frisst auch Samen, die insbesondere im Winter einen größeren Teil seiner Nahrung ausmachen können.
Das Nest wird aus Reisig, Halmen, Moos, Tierhaaren und Fede