Gänsesäger sind mit einer Körperlänge von 58–68 cm und einer Flügelspannweite von 78–94 cm deutlich größer als Stockenten. Im Ruhekleid sind beide Geschlechter einander sehr ähnlich. Zu unterscheiden sind sie dann noch am ehesten im Flug an dem weißen, durchgehenden Feld auf der Flügeloberseite des Männchens.
Das Männchen ist im Brutkleid (Spätherbst bis Frühsommer) durch einen schwarzen, teilweise grünlich glänzenden Kopf und Rücken gekennzeichnet. Diese kontrastieren zum weißen Gefieder des Ru